Nejstarší zprávy o Záběhlicích se datují k r.1185. Základní listina Vyšehradské kapituly říká, že Záběhlice byly od konce 11.stol. do poloviny 13. stol. majetkem Vyšehradského probošta.
Od 12. stol. se datuje výstavba původního románského kostelíka, ukončeného na východě půlkruhovou apsidou. Na jižní straně kostela jsou dobře viditelná románská okénka, která jsou poměrně nízko. To svědčí o tom, že původní terén okolo kostela byl asi o jeden metr níže.
Ve 14. stol. se zde střídají majitelé, mimo jiné také Litomyšlský biskup Jan a od r. 1388 dokonce sám král Václav IV., který si zde nechal postavit "letní sídlo" - tvrz, jejíž základy byly nalezeny na ostrůvku Hamerského rybníka nedaleko u kostelíka.
Možná právě on nechal zvětšit kostel o pětiboké presbyterium (kněžiště). Tento typ uzávěru kostela se vyskytuje méně často (např. Hloubětín) než častější pravoúhlý uzávěr (Modřany, Kunratice, Kolovraty). V baroku byla přistavěna ze severní strany sakristie, hrotitá okna v lodi byla oble zaklenuta a kostel byl zastropen barokní valenou klenbou (původně zde byl spíše plochý strop nebo přímo průhled do krovu). Věž kostela byla při úpravách kostela v 19. stol. přestavěna (není známo do jaké výšky sahá zdivo původní věže).