Předchůdcem kostela Panny Marie Vítězné byla jednoduchá kaple na obdélném půdorysu vystavěná po bitvě na Bílé hoře mezi lety 1622–1624. Autora stavby, jež je zachována ve zdivu západní části dnešního kostela, neznáme. Kaple sloužila jako místo uložení ostatků vojáků, které nebyly řádně pohřbeny a zůstaly v okolí Bílé hory ještě dlouho po bitvě.
V roce 1628 se na popud císaře Ferdinanda II. započalo se stavbou kláštera servitů, situovaného východně od stávající kaple. Zamýšlený klášterní kostel Panny Marie měl připomínat slavné vítězství císařských vojsk a katolické církve. Při pokládání základního kamene 25.dubna 1628, kterého se účastnil i císař Ferdinand II. s manželkou Eleonorou a synem Ferdinandem III., byla do základů vložena pamětní medaile, zachycující plánovanou podobu kláštera. Klášter však nebyl dostavěn a budovy došly jiného využití.
Původní kaple byla poškozena při vpádu Švédů roku 1634 a následně přeměněna na kostnici. V roce 1704 byla už značně zchátralá kaple přestavěna bavorským zedníkem Michaelem Hagenem, zasvěcena sv.Václavovi a bylo povoleno sloužit v ní mše. Datum vysvěcení kaple, 8. prosince 1704, je vytesáno v nadpraží vchodu. Stavba byla dále postupně rozšiřována. Pravděpodobně už v letech 1705-6 byl ke kapli přistavěn osmiboký presbytář s nízkou kupolí a lucernou. Takto nově vzniklá svatyně, zasvěcená nyní Panně Marii Vítězné, byla vysvěcena pražským biskupem Vítem Seiplem 8.srpna 1706.
Roku 1708 započala východně od osmibokého presbytáře stavba sakristie. Ta byla spolu s kůrem dokončena o rok později. Následně, v roce 1710, byla ke kněžišti na jihu přistavěna oktogonální kaple sv. Rozálie (od roku 1728 sv. Feliciána). V severovýchodním koutě budoucího ambitu byla téhož roku založena kaple sv. Vojtěcha. Roku 1712 bylo kněžiště rozšířeno o kapli sv. Hilária na severní straně, byla započata stavba kaple sv. Jana Nepomuckého v jihovýchodním koutě budoucího ambitu a začalo se se stavbou obvodní zdi, ta byla dokončena v roce 1713. Třetí kaple, zasvěcená Nejsvětější Trojici byla založena roku 1713. Poslední jihozápadní koutová kaple ambitu, kaple sv. Václava byla vystavěna v roce 1714. Téhož roku byla stržena stará kupole kostela a vystavěná nová, vyšší, dokončená roku 1705. V roce 1720 se začalo se stavbou arkád ambitu. Stavba ambitů včetně křídel spojujících ambit s kostelem byla ukončena v roce 1729.

Kaple Božího hrobu
Na vnějšku severní strany ambitů byla zbudována kaple Božího hrobu podle vzoru kaple uprostřed Chrámu Božího hrobu v Jeruzalémě. Mohla být postavena mezi lety 1750 – 1785. Na Birckhardtově mědirytu podle Lanovy kresby v roce 1723 je zobrazen již hotový areál kláštera se všemi dostavbami, zatím ale bez této kaple. Ta není ani na přiloženém půdorysu a není ani na kresbě od F.B.Wernera z roku 1752. Když Josefem II. zrušený klášter převzala náboženské matice, provedla roku 1786 soupis majetku a následně areál prodala v dražbě Josefu Ulrichovi, sládkovi z Motola. Na situačním plánu bělohorského areálu narýsovaném a kolorovaném Franzem Zachem v roce 1793 je již půdorys kaple spolu s přístavkem patrný.
Kaple byla postavena patrně podle Santiniho stavby u křižovníků na Novém Městě Pražském, která se odlišuje od ostatních kaplí tohoto typu postavených v Českých zemích. Je to podélná stavba zakončená presbytářem s dvěma stranami polygonu a rozdělená na dvě prostory – přední Andělskou kaplí se prochází do hrobové komory. Na její západní straně je k ní přistavěn objekt Olivetské hory. Cihlová stavba má omítnuté zdivo, po celém obvodu jsou do omítky vyryty falešné rýhy, které imitují kvádříkové členění. Andělská kaple má čtvercový půdorys, pak pokračuje mírně ustoupený presbytář zvýrazněný slepou arkádou, jejíž lomené oblouky nese sedm polosloupků toskánských hlavic. Doprostřed střechy je umístěna baldachýnová edikula sestávající z arkády šesti tesaných sloupků. Helmicovou stříšku původně zdobil půlměsíc, při opravách v roce 1902 jej nahradila makovice s křížkem. Do kaple se vchází ze severního ambitu, kde je malbami na stěnách znázorněn Pašijový cyklus a kde do jednoho z výjevů zasahuje vstupní portálek kaple. Místo scény Ukřižování, které bylo později přemalováno, bylo určeno k založení samotné kaple.
V roce 1885 byla kaple vymalována pražským malířem Gotliebem a krucifix nad vstupem spolu se sochou Krista na Olivetské hoře byly vyčištěny. Téhož roku během Postního týdne byl opraven také její oltář pražským pozlacovačem Růžičkou. O deset let později byla kaple opravena malířem Oberstem. V roce 1902 byl na baldachýnovou věžici instalován kříž od Josefa Kosiny z Ruzyně a makovice ze zinku od klempíře Otta z Tejnku. Oba byli vyplaceni 47 korunami. Ott také upevnil nový okap za 105 korun. Všechny práce byly vypláceny z peněz shromážděných kostelními sbírkami.