Vznik kolodějského kostela souvisí se zánikem kostela sv.Bartoloměje v Újezdě nad Lesy. Újezd totiž po třicetileté válce na 140 let zcela zpustl a pak byl jen pomalu osídlován. Tamní kostel tak byl v roce 1806 srovnán se zemí a materiál z něj byl použit na stavbu kolodějského kostela. Do Koloděj při tom byl z Újezda převezen obraz sv. Bartoloměje a tři zvony. Jeden z nich, pocházející z roku 1486, je zde dosud.
Kolodějský kostel je jednoduchou klasicistní stavbou z let 1806 až 1807 s rovným stropem a presbytářem, zakončenou valbovou střechou s polygonální věžičkou. Jak připomíná pamětní deska na kostele, před husitskými válkami byly v obvodu nynější kolodějské farnosti mimo újezdskou farnost ještě dvě fary s dnes již zaniklými osadami: Litožnice a Lhotka nad Úvaly.
Před vystavěním kolodějského kostela mohli místní obyvatelé navštěvovat zámeckou kapli sv. Anny. Při přestavbě zámku v roce 1806 byla tato kaple zbořena. Zároveň s kostelem byl založen kolodějský hřbitov.

Obnovený kostel už více jak 20 let slouží řepské farnosti sv. Martina. Malby v kostele se vážou k životu Svaté Rodiny a hovoří o tajemství vtělení a narození Božího Syna.
Od roku 1946 až do roku 1994 sloužil kostel jako garáž pro traktory pro Výzkumný ústav zemědělské techniky. Po nákladných úpravách slouží nyní Dům sv. Karla Boromejského pro nemocné a pro uvězněné ženy ve výkonu trestu a kostel Svaté Rodiny slouží sestrám boromejkám a farnosti sv. Martina, která vznikla současně s návratem sester v roce 1996.