Památku založil s největší pravděpodobností pražský biskup Jan II. z Dražic, který zde působil v letech 1226 až 1236. Je o něm zmínka na jedné z fresek v presbytáři kostela. Avšak zakladatelem mohl být v polovině 13. století také biskup Jan III., vzhledem k pozdní době románského slohu, ve kterém byl vystavěn. Prvním dochovaným písemným pramenem o kostele, je však až listina biskupa Jana IV. z Dražic z 20.července roku 1306. Není známo, kdy byl kostel zasvěcen apoštolu sv. Bartoloměji, ale vysvěcen byl ještě několikrát poté (např. roku 1226).
Kostel byl postaven v pozdně románském slohu z pískovcových kvádrů (dovezených z Proseka, což značí o dostatku tamního materiálu, ze kterého je také postaven kostel sv. Václava (rok 973) na Proseku), jako takzvaný tribunový kostel. To znamená, že vnitřní prostory byly rozděleny na obyčejný prostor pro lid a vyvýšenou tribunu s pavlačí pro biskupa či vlastníka dvorce (tzv. feudála), jemuž kostel patřil a odkud sledoval bohoslužby. Běžně obýval sousední budovu, propojenou lávkou s kostelem, čímž měl vlastní soukromý vchod. Tribuna měla dříve místo dřevěného zábradlí poprsní zeď z kamene a vstup ze západní strany s dřevěnými schody, který se nedochoval. V kostele působili za vlády Karla IV. a Václava IV. třetí pražský arcibiskup Jan z Jenštejna a generální vikář pražského arcibiskupa Jan Nepomucký těsně před svou smrtí. A pár dní zde pobýval také Arnošt z Pardubic.
V období let 1570–1743 byla správa kostela v Kyjích svěřena faráři novoměstského kostela sv. Jindřicha. V roce 1655 při opravách interiéru byly v lodi vybourány boční výklenky pro oltáře. Během 15. a 16. století zpustly okolní stavby, s nimiž kostel původně tvořil jeden celek, a bylo nutné vybudovat sakristii. Ta byla následně v 17. století přistavěna v barokním slohu k severní straně hlavní lodi s bývalým hlavním portálem jako vstupem. Ve stejném slohu byla přistavěna k západní straně kostela malá předsíň, která tím zakryla původní vstupní portál.
V souvislosti s obnovením fary v roce 1743 následovaly stavební úpravy kostela. Místo původních středověkých oken (s možnými gotickými prvky) v presbytáři, která se zazdila kvůli oltáři, byla v roce 1758 proražena čtyři nová obdélná okna. A v pozdním 18. století byl v otvoru v jižní zdi zavěšen zvon ,,umíráček'', který se dodnes již nedochoval. Roku 1781 byl kostel vybílen kvůli vizitaci, díky čemuž se v presbytáři při seškrabávání staré omítky objevil nápis.
Křtitelnici pro kostel navrhl roku 1845 architekt Josef Kranner. Na jižní straně lodi byly odhaleny fresky Posledního soudu, na severní zbytek výjevu Narození Páně a v polovině 19. století byly odhaleny zbylé malby. Největší oprava proběhla v letech 1973-1989, kdy byl betonem zpevněn presbytář a vyměnily se některé pískovcové kvádry ve zdivu. Dále byla zazděna obdélná barokní okna a vytvořena nová románská. Kostel byl následně opět vybílen, čímž zmizely stopy po freskách v lodi kostela.
V druhé polovině 19. století pak začala první fáze nových oprav. Exteriér kostela se začal více opravovat až od roku 1980 a interiér hlavně v letech 1987-1991. Další opravy souvisely s postupným zbavování renesančních a barokních prvků. To především v sakristii a presbytáři.

www.wikipedie.cz