Betlém z kostela sv.Filipa a Jakuba

První písemný záznam o kapli sv.Štěpána je z 13.února 1257, kdy ji včetně přilehlých pozemků Přemysl Otakar II. připsal vyšehradskému kanovníku Bartolomějovi a jeho nástupcům. Svaté ostatky (pravděpodobně sv. Štěpána) byly poté přeneseny na Vyšehrad a kaple měla být zbořena. K tomu však nedošlo, bylo jen změněno její zasvěcení (pravděpodobně sv. Václavu) a byla spravována farářem z Malé Chuchle. Kolem roku 1319 byl kostelík veden jako farní a patřil k ořechovskému děkanství. Koncem 70.let 14.století získali obec Zlíchov včetně kostela smíchovští kartuziáni a na přelomu 14. a 15. století ho goticky přestavěli. V srpnu 1418 je však přepadli husité a jejich smíchovský klášter zcela zničili. Jejich pozemky včetně zlíchovských připadly staroměstské obci. Fara zanikla a kostel spadal pod správu utrakvistů, a to až do roku 1624, kdy obec i s patronátním právem ke kostelu koupili jezuité z pražského Klementina. Zlíchov se pak nejen dostal pod jejich duchovní správu, ale stal se i východiskem jezuitské misijní činnosti.
Roku 1660 byl kostel ještě opravován, ale v letech 1713–1714 ho jezuité zbořili a na jeho základech postavili barokní kostel, dochovaný do dneška. Posvěcen ke cti svatých apoštolů Filipa a Jakuba byl 5.května 1714. Roku 1749 byl Zlíchov spolu s Hlubočepy přifařen ke Smíchovu. Dne 18.ledna 1872 bylo povoleno zřídit na Zlíchově faru a o rok později sem byl uveden nový farář. Dům pro účel farní budovy daroval tehdejší majitel zlíchovských vápenek a realit Max Herget. Roku 1885 byly provedeny opravy exteriéru kostela, roku 1901 byl kostel vymalován a omítnut a byly obnoveny oltáře. V roce 1945 kostel sloužil jako místo pro uložení zastřelených vlastenců na konci II.světové války.
V letech 1948–1989 byl kostel zanedbáván a chátral. I tehdy se zde však konaly pravidelné bohoslužby. Generální oprava kostela se uskutečnila v letech 1991–1993.