Ranně barokní kostel, zasvěcený sv.Františku z Assisi byl zbudovan v letech 1679-88 podle projektu architekta J. B. Matheye. Na jeho výzdobě pracovali vynikající umělci své doby. Freska v kupoli je dílem V.V.Reinera, oltářní obrazy vytvořili M.L.Willmann a J.K.Liška, sochy jsou prací M.V.Jäckla.
Chrám je spravován Rytířským řádem Křižovníků s červenou hvězdou. Jediným ryze českým mužským řádem, jenž byl založen sv.Anežkou Českou, dcerou českého krále Přemysla Otakara I.
Předchůdce dnešního kostela - kostel sv. Ducha zde po roce 1252 vybudoval spolu se špitálem a konventem křížovníků s červenou hvězdou. V roce 1378 byl při požáru konventu kostel sv.Ducha poškozen, ale po opravách vydržel až do výstavby kostela sv.Františka z Assisi v 17.století.
Jedná se o centrální stavbu s oltářem na severní straně a s mohutnou kupolí na lodí. Hlavní, jižní fasáda má konkávně prohnutá nároží a je celá obložena kamenem. Na atice a ve výklencích této fasády jsou osazeny sochy z dílny Matěje Václava Jäckla, po stranách schodiště jsou na podstavcích sochy sv. Jana Nepomuckého a Panny Marie Immaculaty od Jana Antonína Quitainera (momentálně sejmuté).
Vnitřek chrámu tvoří kupolí zastřešená oválná loď, proti vchodu pravoúhlé kněžiště a dvojice bočních kaplí, které dohromady tvoří křížové uspořádání. Nástěnné malby v lodi, mj. fresku Posledního soudu na kupoli, zhotovil Václav Vavřinec Reiner, fresky v kněžišti Jan Kryštof Liška. Autory soch jsou opět M.V.Jäckel, Jeremiáš Süssner a Konrád Max Süssner. Hlavní oltář (stigmatizace sv. Františka) a oba boční (sv.Kříže a Nanebevzetí Panny Marie) jsou dílem M.V.Jäckela a J.K.Lišky.
V suterénu, pod hlavním kostelem, je další kostel, který svým uspořádáním včetně orientace navazuje na původní středověký kostel. Jsou zde náhrobky osobností řádu a grotta. Dolní kostel je přístupný z chodby kláštera a je také propojen malým zamřížovaným otvorem v podlaze s horním kostelem.
Nad dveřmi do zákristie visí malý obrázek od malíře El Greca, zřejmě originál.