Kostel byl, stejně jako Havelské Město, založen v roce 1230 českým králem Václavem I. Na zakládání se spolupodílel také mincmistr Eberhard. Pro úplnost historického sledu událostí je třeba doplnit, že Havelské Město děkovalo za vznik Starému Městu, se kterým poté ve třináctém století vytvořili společně jedno území, které bylo později jako celek obehnáno městskými hradbami.
Kostel byl postaven v centru již zmíněného Havelského města. Jeho vznik je datován na období třináctého století a byl postaven v románském stylu. O století později byl tento kostelík přestavěn na trojlodní baziliku. Zachovaly se dokonce i některé prvky gotiky. Koncem sedmnáctého století prodělal velice důležitou přestavbu, dík které byl zcela barokizován. Z tohoto období se dochovalo nádherné průčelí, které podle dochovaných dokumentů vznikalo podle plánů a nákresů Jana Santiniho Aichla a Pavla Ignáce Bayera.
Zajímavostí je že kostel svatého Havla má několik kaplí. Jedna z nich nese název kaple Karmelská. Ta vznikla v roce 1673 a unikátní je především její výzdoba, kterou tvoří štukatury od G. B. Comety. Co však je dále unikátní je skutečnost, že se právě zde nalézá hrob významného malíře z období baroka Karla Škréty. Další kaplí je kaple císařská, která byla vybudována v roce 1730. Významnou je kaple svatého Václava se sousoším Kalvárie a čtyřmi evangelisty. Toto jedinečné dílo bylo roku 1726 vyrobeno v dílně F. M. Brokoffa.
Původní románský kostel byl průběžně upravován (ve 14.stol a později 17.stol.) Janem Dominikem Orsim a Martzinem Luragem. Současné barokně zdobené průčelí vzniklo v letech 1723-38 zřejmě podle plánů Jana Santiniho Aichla a Pavla Ignáce Bayera. V kostele je mimo jiné pohřben Karel Škréta.