Kostel vznikl v druhé polovině 17. století na místě 23 zbořených středověkých domů. Po své dostavbě byl zasvěcen patronovi a zakladateli jezuitského řádu sv.Ignáci z Loyoly. Jezuité byli známi tím, že byli dle vzoru svého zakladatele podřízeni tvrdé kázni, bezpodmínečné poslušnosti a téměř kasárenskému způsobu života
Na vrcholku průčelí kostela si můžete všimnout sochy sv. Ignáce a všimněte si také jedné ze zdejších zajímavostí, a to provedení svatozáře, která obklopuje celé světcovo tělo. Tato svatozář byla ve své době chápána jako značně pobuřující. Dle církevních pravidel mohl mít svatozář kolem celého těla pouze Kristus, ale Jezuité byli řádem s tak silným postavením, že si tuto výstřednost mohli dovolit.
Na malířské výzdobě kostela se podílel Jan Jiří Heintsch a na sochařské výzdobě Matěj Václav Jäckel, jehož dílo známe hlavně z Karlova mostu. Další tak trochu mystickou zajímavostí kostela je nápis na tympanonu, který k vlastnímu textu připojuje i chronogram. V textu: MAIORI DEI GLORIAE et SANCTI IGNAZII HONORI PIAETAS EREXIT, jsou velkými písmeny vyznačeny vybrané číslice, které označují letopočet 1671, kdy byla socha sv.Ignáce umístěna na střechu kostela. Celý text pak hovoří o poctě sv.Ignáci.