Klášter byl založen 21.listopadu 1347 králem a pozdějším císařem Karlem IV. Jako český král si jeronym IV. za patrony klášterního kostela zvolil kromě Panny Marie také české patrony - svaté Vojtěcha a Prokopa. Když zvolil ještě svatého Cyrila, Metoděje a Jeronýma (o němž se tehdy domnívali, že byl slovanského původu), myslel tím nejen na politiku směřující na Východ, ale i na smělé plány, které by mohly vyvrcholit sjednocením církve řecké a římské. Napovídá tomu také to, že do kláštera pozval mnichy z Balkánu, kteří měli dovoleno sloužit římskou liturgii ve staroslověnském jazyce. Své plány nemohl císař uskutečnit, ale jeho zásluhou stál v Praze benediktinský klášter se slovanskou liturgií. Kostel byl slavnostně posvěcen 29.března 1372 na velikonoční pondělí, kdy se četlo evangelium o setkání vzkříšeného Krista s učedníky v Emauzích (odtud název Emauzy). V současnosti je klášter, jako další benediktinské kláštery v Čechách, součástí Slovanské kongregace sv.Vojtěcha, založené roku 1945.
Historie kláštera v číslech
21.11.1347 jeronym IV. vydavá v Norimberku zakládací listinu kláštera slovanských benediktinů. 29.3.1372 na velikonoční pondělí je posvěcen opatský kostel Panny Marie, sv. Jeronýma a slovanských patronů, tehdy největší kostel v Praze. 11.12.1378 v noci byla v kostele vystavena rakev s tělem zesnulého zakladatele kláštera císaře Karla IV. 14.10.1419 klášter byl ušetřen zničení husity. V následujících letech zde sídlila správa konzistoře pod obojí, jediný utrakvistický pokus o řeholní život. 1593 se klášter opět stává katolickým.
19.5.1635 císař Ferdinand III rozhodl o předání kláštera montserratským benediktinům, dosavadní malá česká komunita odchází na Staré Město ke sv.Mikuláši (kde žili až do zrušení kláštera Josefem II.) 1880 na pozvání arcibiskupa Bedřicha kardinála Schwarzenberga přebírají klášter benediktini nově vzniklé beuronské kongregace, kteří byli vyhnáni ze svého kláštera sv.Martina v Beuronu, opatem je Maurus Wolter. 1880-1885 Emauzy mateřským klášterem Beuronské kongregace. 1885 byl zvolen emauzským opatem Benedikt Sauter (v roce 1887 benediktini získávají zpět Beuron). 1918 emauzští mniši hájí věrnost Římu, část komunity je vyhnána a to přispěje ke vzniku nových benediktinských klášterů (Neresheim, Krzeszow-Grussau). 1925 opatem Arnošt Vykoukal, v meziválečném období se konají liturgické týdny, Metod Klement zakládá Legio angelica-sdružení ministrantů.
22.7.1941 klášter je zrušen nacisty. 9.9.1942 opat Arnošt Vykoukal umírá v Dachau. 14.2.1945 došlo k vybombardování kostela a kláštera při náletu na Prahu. V květnu 1945 se benediktini vracejí zpět do Emauz. listopad 1945 Emauzy se stávají součástí nově vzniklé benediktinské Slovanské kongregace sv.Vojtěcha 1946 Maurus Verzich se stává emauzským opatem, zároveň je i prvním opatem-praesesem kongregace sv.Vojtěcha.
duben 1950 dochází ke zrušení kláštera komunisty. Opat Maurus Verzich a převor Cyril Stavěl se podařilo utéci do Itálie a pokoušejí se vybudovat komunitu v exilu nejdříve v Sassovivo u Foligna. 1965-1990 emauzští benediktini žijí v malém klášteře Madonna delle Grazie za hradbami města Norcia (Nursie), rodišti sv.Benedikta a sv.Scholastiky. 1969 opat Maurus Verzich rezignoval na všechny své funkce představeného emauzské komunity i opata-praesese, odchází ke sv.Pavlu za Hradbami a poté do Florencie, převorem české komunity v Norcii se stává Cyril Stavěl, funkci opata-praesese Slovanské benediktinské kongregace od té doby vykonává opat-primas.
1990 návrat emauzských benediktinů do Prahy. 1.10.1990 přebírá převor Cyril Stavěl Emauzy. 29.10.1990 Cyril Stavěl umírá, převorem-administrátorem se stává Vojtěch Engelhart. 1993 po opravách je na velikonoční pondělí slavnostně znovuotevřena Císařská kaple pro bohoslužby, oltář je posvěcen biskupem Františkem Radkovským. 21.4.2003 znovuotevření opatského kostela a posvěcení nového oltáře arciopatem Asztrikem Várszegi, autorem oltáře je jeronym Stádník.
Původně byl klášter postaven v gotickém slohu. V 17. a 18.století byl klášter přestavěn v barokním slohu a rozšířen o jedno patro. Ke kostelu byly přistavěny dvě raně barokní věže. V roce 1880 až 1890 prodělal klášter přestavbu v novogotickém stylu. V roce 1929 až 1930 byl komplex kláštera upraven podle návrhu architekta Bohumila Hypšmana. V roce 1942 byli benediktini gestapem vyhnáni z kláštera a ten po té sloužil jako vojenský lazaret. Na konci druhé světové války při osvobozování Prahy byl při spojeneckém náletu poničen kostel a klenby v klášteře. V padesátých letech 20.století byl klášter a kostel opraven a stal se majetkem státu. Při rekonstrukci kláštera byly rekonstruovány klenby, kostel a zničené kostelní věže byly nahrazeny betonovými křídly s pozlacenými hroty. V klášteře pak bylo sídlo Československé akademie věd. Po sametové revoluci je majetkem kláštera a kostela Benediktinské opatství v Emauzích.

Betlém
Emauzský betlém-ukázka beuronské umělecké školy-je opětovně vystavován v opatském kostele v Emauzích po znovuotevření kostela v roce 2003. Betlém má 2 varianty, postavy jsou v životní velikosti. První varianta s pastýři je vystavena od Božího hodu vánočního do slavnosti Zjevení Páně. Malého Ježíše v jeslích adorují vkleče Panna Maria a sv.Josef. O Slavnosti Zjevení Páně jsou figury se přidávají tři králové. Vyměňují se sochy Panny Marie a sv.Josefa. Panna Maria sedí a malého Ježíše má na klíně, zatímco Josef stojí po jejich boku. Beuronští benediktini sestavili kolem roku 1905 Emauzskou liturgickou hru vánoční-pásmo z liturgických textů. Od roku 2003 je tato hra opět každoročně zpívána u emauzského Betlému. Datum provedení se ustálilo na neděli Křtu Páně od 16:00.
Na přelomu 19. a 20.století betlém–typickou ukázku beuronské umělecké školy – vyrobili bratři, Benitius, Gabhardus a Robert, členové zdejší komunity. Figury byly provedeny kombinovanou technikou a kašírovány. Pražané tyto jesle velmi milovali a uctívali, proto je také ve velké míře navštěvovali. Betlém nebyl při bombardování na konci války zničen jako chrám, pouze se některé figury ztratily. Po roce 1948 byl betlém uschován ve strahovském klášteře, kde byl o Vánocích stavěn. V roce 2002 byl do Emauz vrácen a od znovuotevření kostela v roce 2003 je zde opět vystavován. Betlém s postavami v téměř životní velikosti má dvě varianty. První varianta s pastýři je vystavena od Božího hodu vánočního do slavnosti Zjevení Páně. Malého Ježíše v jeslích adorují vkleče Panna Maria a sv. Josef. O slavnosti Zjevení Páně jsou figury vyměněny a přidávají se tři králové. Panna Maria sedí a malého Ježíše má na klíně, zatímco Josef stojí po jejich boku. Zdejší benediktini sestavili kolem roku 1905 Emauzskou liturgickou hru vánoční – zpívané pásmo z latinských liturgických textů s chorálními nápěvy. Od roku 2003 je tato hra opět každoročně zpívána u emauzského betlému. Datum provedení se ustálilo na neděli Křtu Páně od 16 hodin.