Kostel byl založen v gotickém slohu ve 2. polovině 14. století při založení Nového Města. Vystavěn byl řádem křížovníků s červenou hvězdou, který ho měl ve správě. Kostel byl vysvěcen v únoru 1351 arcibiskupem Arnoštem z Pardubic, v březnu byl povýšen na farní. Kostel byl obklopen hřbitovem, který byl používán zvláště intenzivně při morových ranách.
Za hsitství kostel ovládli husité a byl zde farářem také umírněný husita Prokop z Plzně, později pak utrakvisté. V letech 1472–1476 založena nová zvonice (dnešní Jindřišská věž), která byla určeno pro nové těžké zvony. Při kostele byla také založena svatojindřišská farní škola, mezi rektory školy patřili Pavel Kristián z Koldína nebo Jan Campanus Vodňanský. Z doby utrakvismu se v kostele zachovala například křtitelnice z roku 1418. V té době zde také působilo jedno z nejstarších a nejbohatších literátských bratrstev v Čechách, které, stejně jako ostatní, bylo zrušeno výnosem císaře Josefa II. v roce 1784 a majetek rozprodán.
Po Bílé hoře měl být kostel vrácen Křížovníkům. Ti se ho však v roce 1646 zřekli ve prospěch barnabitů, ti však tuto nabídku nevyužili a císař Ferdinand III. kostel v roce 1649 převedl na obec Nové Města. V dobách barokních pak došlo k přistavění několika kaplí kostela. V 19. století pak kostel zasáhla významná přestavba vedená architektem Josefem Mockerem.

Barokní vybavení kostela-obrazy a sochy významných českých umělců (např. Václav Vavřinec Reiner, Karel Škréta, Jan Jiří Heinsch či Jan Jiří Bendl) - vzniklo postupně mezi lety 1738-1741. Cyklus nástěnných obrazů ze života sv. Jindřicha, který se nachází v presbyáři byl financován literátským bratrstvem a vznikl roku 1745. Oltářní architektura situovaná za hlavním oltářem je převzatá z klášterního kostela sv. Kříže bratří Cyriaků, který byl zrušen Josefem II.
Oltářní obraz je původní z roku 1698 několikrát nastavovaný. Namaloval ho rovněž Jan Jiří Heinsch a znázorňuje sv. Jindřicha v roli ochránce Prahy před švédským obléháním a sv.Kunhutu chodící po rozžhavených radlicích, aby tak dokázala svou nevinu, když byla nařčena z cizoložství. První významnou upravou kostela byla renesančí přestavba v roce 1529. Při ní vznikla kostelní kruchta, předíň před vchodem do kostela a z ní vedoucí kamenné schodiště na kůr.

Kaple svaté Barbory
Byla postavena roku 1672 jako poděkování za záchranu před švédským obléháním Prahy. V této kapli působilo také Bratrstvo sv. Panny Barbory, které se staralo o pohřby a s nimi spojedné ceremonie - fundace zádušních mší, hudba, kultura pohřbívání. Tato kaple měla vlastní zřízení, a proto měla také vlastní sakristii, která byla později Josefem Mockerem při regotizaci zbořena. V kapli můžeme také vidět maketu dělové koule, sochy sv. Rocha, sv. Šebestiána, sv. Josefa, sv. Terezky, sv. Václava a sv. Jana Nepomuckého. Na mramorovém oltáři z roku 1746 je cenný obraz svaté Brabory od Matěje Zimprechta z roku 1673. Tato kaple také sloužila od 19. století jako křestní kaple.

Za pruského bombardování Prahy byl kostel značně poškozen dělovými koulemi, z nichž mnohé jsou dodnes zaseklé a viditelné v klenbách kostela. Tímto bombardováním byla také poškozena vzácná gotická stanová střecha, která byla nahrazena novou, jednodušší barokní střechou. Dalším významným prvkem exteriéru je nahrubo odhalené zdivo kostela. To bylo odkryto v 2.pol. 19.století při puristických úpravách Josefa Mockera, které však byly liché, protože v období gotiky byly stavby zcela běžně omítnuté.
Dnes je kostel využíván ke konání římskokatolických bohoslužeb české farnosti, slovenské personální farnosti a maďarské duchovní správy. U vstupu do kostela se nachází dvě sochy. Nalevo socha svatého Jana Nepomuckého od Michala Josefa Brokoffa a napravo socha svatého Judy Tadeáše od neznámého autora, obě z roku 1709.

Kostel je zasvěcen králi a císaři Jindřichovi II., který žil v letech 972/3–1024, a jeho ženě Kunhutě. Oba byli kanonizováni několik let po své smrti. Jindřich zřejmě pro svou velkou zbožnost a pro podporu katolické církve, Kunhuta pak za to, že se zřekla pohlavního života. Traduje se pověst, že byla obviněna z nevěry a musela se proto podrobit Božímu soudu. Trestem bylo přejít po rozžhavených radlicích. Pokud by byla nevinna, Bůh by jí před popálením ochránil. A tak se také stalo. Proto je svatá Kunhuta často zobrazována s kostelem a radlicí v ruce.

www.wikipedie.cz