První spolehlivý historický údaj o kostele však pochází až z roku 1404. V důsledku husitských válek byl kostel po určitou dobu využíván věřícími přijímajícími podobojí, katolické bohoslužby byly obnoveny v roce 1521. Protože však přestával být kostel vzhledem k počtu věřících kapacitně dostačující, byl v roce 1770 zbořen a nahrazen novým, vybudovaným v roce 1770 na témže místě nákladem Františka Xavera Strachovského rytíře ze Strachovic, probošta Metropolitní kapituly u sv. Víta v Praze. Nový kostel byl 4.července 1771 benedikován a 29.září téhož roku vysvěcen pražským světícím biskupem Janem Ondřejem Kayserem z Keysernu. V průběhu doby byl kostel mnohokrát vyloupen (jen v letech 1772 až 1800 čtyřikrát, popáté 2. června 1820, znovu v noci na 3.ledna 1903), naposledy v 90.letech 20.století. Věž kostela byla těžce poškozena, když do ní v noci z 13. na 14.března 1840 uhodil blesk; při následném požáru byly ve věži roztaveny železné zvony, které sem byly v roce 1787 přeneseny z kostela sv. Vavřince na pražském Petříně. Po požáru nechal jeden ze zvonů přelít probošt Václav Václavíček. Druhý zvon daroval probošt Msgre. Antonín Hora, třetí nechal ulít zdejší farář Msgre. ThDr. Rudolf Horský. Tyto tři zvony byly zrekvírovány pro válečné účely za první světové války. V roce 1927 byly v kostele instalovány dva nové zvony, které ovšem byly za druhé světové války odvezeny.
Kostel vybudovaný ve stylu pozdního baroka je dominantou celého okolí. Jedná se o prostou sálovou stavbu s věží na západní straně, menším čtvercovým kněžištěm a větší čtvercovou lodí se zkosenými rohy. Je dílem neznámého, ale zřejmě obratného architekta. Klenby mají tvar tzv. české placky. Ze severní a jižní strany zdobí fasádu malé římsované štíty trojúhelníkového tvaru, severní se znakem pražského proboštství a jižní se znakem probošta Františka Xavera Strachovského rytíře ze Strachovic.
Stěny jsou jemně rozčleněny pilastry s vrubovanými hlavicemi, pozdně barokní sloh vysoké umělecké úrovně se zde dále projevuje například oblamovaným, profilovaným kladím a štukovou výzdobou. Obdélná okna jsou zakončena polokruhovými oblouky. Po dostavbě byl kostel vybaven převážně rokokovým mobiliářem, a to zčásti novým, zčásti převzatým z kostelů zrušených za vlády Josefa II.
Hlavní oltář je rokokový s krásnými řezbami a bočními brankami. Nad ním visí v rokokovém rámu neseném vyřezávanými anděly obraz sv.Matěje z roku 1699, který byl namalován ještě pro původní kostel, a to pravděpodobně Christianem Dittmannem von Lavensteinem. Pozadí portrétu sv.Matěje tvoří výjev ilustrující pověst o založení kostela (napadení knížete medvědem) se siluetou Hradčan. V horní části obrazu se nachází znak probošta Františka Xavera Strachovského rytíře ze Strachovic. Obraz byl v roce 1839 obnoven pražským malířem Václavem Myslivečkem.