Původní kostel byl postaven ve slohu románském, stavba je z 12. století a patří mezi nejstarší v Čechách. Někdejší románskou stavbu – jednolodní čtvercový prostor se čtyřmi apsidami po stranách a s o něco mladší románskou hranolovou věží se zdvojenými okénky v západním průčelí – už nenajdeme. Kostel nechal přestavět nákladem 3221 zlatých tehdejší patron, jezuitský řád, v roce 1772 stavitelem Antonínem Schmiedem do obdélné podoby s novým presbytářem. - Větší část rotundy byla odbourána a k věži byla přistavěna chrámová loď a presbytář. Z původní stavby se tak dochovala jen západní apsida s románskou věží z řádkového zdiva, na níž zůstala sdružená okénka.
Kostel je jednolodní, obdélný, s obdélným presbytářem, se sakristií v ose a s kaplovitými přístavky po obou stranách Presbytář je sklenut plackou, loď valenou klenbou, pod kruchtou je umístěn románský sloup. Vnitřní zařízení je rokokové. Na hlavním oltáři je obraz patronů kostela sv. Petra a Pavla od Josefa Kramolína, na bočních oltářích obrazy Nejsvětější trojice a sv. Ignáce od Viléma Kandlera. Ze stejné doby jako hlavní oltář pochází i kazatelna a socha sv. Jana Nepomuckého. Na vstupních dveřích se dodnes dochoval tepaný rokokový zámek s klikou a držadlem. Kolem kostela byla od nepaměti také hřbitov, na němž odpočívají celé generace starých řeporyjských rodů.

V letech 1900 – 1901 byl kostel opraven Františkem Machem do nynější podoby, po opravě byla odstraněna omítka zdiva věže, takže se objevilo zdivo z opukových kvádrů, v bocích věže prolomena původní podvojná, sloupkem dělená románská okna. Místo barokní střechy byla dána na věž střecha jehlanová, krytá polévanými prejz, jinak byla ponechána úprava kostela z roku 1772. V chrámové věži (30m vysoké) visely dva zvony. Větší zvon sv. Ignáce z Lyoly, litý v roce 1690; když pukl, byl roku 1775 přelit. Menší zvon pocházel rovněž z roku 1690 a byl přelit v Praze roku 1869.
1909 – 1919 farářem v Ořechu a Řeporyjích byl Jindřich Šimon Baar, mezi lidmi velmi oblíbený pro svá kázání. J. Š. Baar byl nejen farářem, více jej známe jako spisovatele. Např. jeho povídka Zvon je přesným vylíčením surového vybíjení zvonu právě v kostele sv. Petra a Pavla v Řeporyjích.
29.6.1999 – byly vysvěceny nové zvony v kostele.
Od roku 2015 je kostel uzavřen z důvodu rekonstrukce obovodového zdiva a i interiéru kostela. 26.11.2017 – vysvěcení a znovuotevření kostela; slavnostní mši svatou celebroval pražský arcibiskup kardinál Dominik Duka