Secesní římskokatolický kostel byl postaven v letech 1904 až 1905 nákladem Spolku sv. Bonifáce podle stavebních plánů Matěje Blechy, stavitele v Karlíně. Autorství chrámu je v odborné literatuře připisováno Emilu Králíčkovi. S přípravnými pracemi se započalo 3.října 1904. Krátce před velikonočními svátky roku 1905 byla stavba v hlavních věcech ukončena a 8. dubna 1905 byla za účasti libeňského faráře P.Václava Stejskala kolaudována, a to jako provizorium do r.1910, protože podle návrhu regulace Libně byla na části pozemku projektována ulice. Následující den byl kostel vysvěcen světícím biskupem Františkem Kráslem, podle odhadu se slavnosti účastnilo na 10 tisíc lidí.
Nový chrám měl být dle dohody zasvěcen blahoslavené Anežce Přemyslovně. Jelikož ale nebylo včas požádáno do Vatikánu o povolení, rozhodl pražský arcibiskup kardinál Lev Skrbenský z Hříště, aby byl nový chrám zasvěcen sv. Vojtěchu. Nejspíš se tak stalo proto, že spolek sv.Bonifáce vydával české periodikum se stejným názvem.
Kostel sv. Vojtěcha je pozoruhodný svým systémem zděných svislých konstrukcí a dřevěných, složitě tvarovaných střešních vazníků, s výrazným použitím dřevěných dekorativních i architektonických prvků. Výmalba kostela odkazuje na secesní zálibu v rostlinných motivech. Střecha věže má tvar šestiboké helmice s hrotem a makovicí­ na vrcholu. Vnitřní členění chrámového prostoru je trojlodní.
Na hlavním oltáři kostela je vyobrazen Ježíš Kristus se zvýrazněným srdcem a otevřenou náručí, jedná se tedy o vyobrazení Nejsvětějšího srdce Páně. Autorem oltářních obrazů je akademický malíř Zikmund Rudl. V postranních prostorech jsou v presbytáři umístěny menší dřevěné oltáře. Levý oltář je osazen obrazem Panny Marie s Ježíškem, pravý oltář obrazem sv. Anežky Přemyslovny. U bočních oltářů jsou na podstavcích postavené dřevěné polychromované sochy sv. Antonína Paduánského a sv. Terezie z Ávily. Na hlavním oltáři je druhotně umístěna plastika sv. Vojtěcha.
Kostel sv. Vojtěch v Libni je jako jedna z dominant Prahy 8 ojedinělou dochovanou sálovou stavbou a jedinečnou ukázkou secesní sakrální architektury z počátku 20. století. Stavba kostela je důležitá o to víc, že secese jako architektonický styl se sakrální architekturou takových rozměrů primárně nepočítal. V roce 1987 byl kostel prohlášen nemovitou kulturní památkou.